H Αμπέτειος Σχολή διαθέτει εργαστήριο Φυσικής - Χημείας, στο οποίο οι μαθητές μπορούν να κάνουν πειράματα στα μαθήματα της Φυσικής, Χημείας και Βιολογίας. Το Εργαστήριο διαθέτει δύο πάγκους εργασίας και μπορούν να εργαστούν μέχρι και 20 μαθητές σε ομάδες ή μεμονομένα.

Η συνεχής ανανέωση και συμπλήρωση των οργάνων του εργαστηρίου δίνει τη δυνατότητα στους καθηγητές να προσφέρουν με αυτό τον τρόπο πληρέστερη γνώση στους μαθητές στα προαναφερθέντα μαθήματα.